Durante sus primeros diez años de vida, Guadalajara fue una villa inestable que cambió cuatro veces de asentamiento hasta que encontró el sosiego en el valle de Atemajac. En esos años difíciles, estuvo a punto de desaparecer en varias ocasiones, sobre todo en 1541 cuando los caxcanes la asaltaron con determinación. Pero antes y después de su fundación definitiva sucedieron siete acontecimientos que la favorecieron. El principal de ellos fue la Conquista: un suceso brutal, de ruptura, de catástrofe, de caos reorganizador, de mutación. En ese contexto sucedió la muerte de Pedro de Alvarado, el descubrimiento de las minas de Zacatecas, el debilitamiento de Compostela, el terror chichimeca, la destrucción del puerto de La Navidad y la revitalización de la audiencia.
Al ritmo de estos hechos, Guadalajara dejó de ser una villa incierta para convertirse en la capital de la Nueva Galicia y, después, en la principal ciudad del septentrión americano. Pero antes tuvo que confrontar a la ciudad de México y quitarse su tutela. Los tapatíos la enfrentaron sin complejos y sin miedos en los tribunales, en las juntas teológicas y en el campo de batalla. El último choque fue en Analco: por un lado el ejército del virrey bien armado y por el otro la milicia que habían improvisado los vecinos. Después de esta guerra ya nada fue igual.

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